普通車間對潔凈度是不可控的，但潔凈車間能保證并維持潔凈度。潔凈車間在空氣過濾過程中，除了采用初、中效過濾器外，還會進行高效過濾，將空氣中活的微生物進行消毒，保證車間內空氣潔凈度；凈化工程中送風量要比普通車間大很多，一般情況下，普通車間8-10次/H換氣，單向流潔凈車間400-600次/H換氣;潔凈車間內時刻保持在正壓狀態，防止外界污染物進入潔凈區，而普通車間并不看重這一點。

在空間布局中和裝修設計上，潔凈車間有較大的特點就是潔污分流，人員和物品都是專用通道，避免產生交叉污染。除此之后還要進行風淋室吹淋，將附著在人員、物品的污染物排除掉，避免將污染物帶到潔凈區，影響凈化工程的凈化效果。